So sánh nhiễm sắc tử chị em với các nhiễm sắc thể tương đồng, thứ bản thân nó là hai bản sao chép khác nhau của một nhiễm sắc thể mà các sinh vật lưỡng bội (như con người) kế thừa, một từ mỗi bố mẹ. Nhiễm sắc tử chị em nhìn chung thì giống nhau y hệt (vì chúng mang cùng alen, còn được gọi là biến thể hoặc phiên bản, của gien) bởi vì chúng bắt nguồn từ một nhiễm sắc thể gốc. Một ngoại lệ chính là, về cuối của giảm phân, sau khi sự kiện trao đổi chéo xảy ra, bởi vì các phần của mỗi nhiễm sắc tử chị em có thể đã bị tráo đổi với các phần tương ứng của các nhiễm sắc tử tương đồng mà chúng được bắt cặp trong giảm phân. Các nhiễm sắc thể tương đồng có thể hoặc có thể không giống nhau vì chúng bắt nguồn từ những bố mẹ khác nhau.